为了促使好氧性发酵，创造好氧性菌易于增殖的环境是很重要的。利于好氧性发酵的条件有以下五个。
为了促进发酵，需要含有细菌作为能源而分解的有机物。在有机物里含有各种物质。
【Compo S-90ET】
因为难分解有机物的分解时间很长，在有机肥发酵机里快速发酵时不被分解，即使施入田后其分解速度也很缓慢，不会急剧产生NH3有害气体。
因为易分解性有机物直接施入田时，其急剧分解，导致NH3等有害气体的发生。
可是，在有机肥发酵机内易分解性有机物成为非常容易分解的有效能量来源，即使堆肥入田后也不会产生有害气体之害。
为了使菌充分活动，需要适当的温度，在有机肥发酵机内最适当的温度是60～70℃。通过维持这一温度来蒸发水分，干燥畜粪。
为了好氧性发酵，必须有适度的水分，含水率过高则通气性不好，导致发酵不良，含水率过低时，反过来，因水分不足，也会造成发酵不良。为了优质发酵，在有机肥发酵机内必须有35%～55%的含水量。
为了好氧性发酵，向家畜粪中供给充分并均一化的空气是非常重要的。高水分则通气性不好，供气困难，为此需要进行水分调整，改善通气性。
用有机肥发酵机时，以种粪进行水分调整，再则，用搅拌叶片边移动空气吹出口边搅拌粪，可以均匀地提供氧气。另外，这种搅拌运动对水分蒸发也是必要的。
一般来说未处理畜粪是酸性（PH6.0左右），PH8.0～9.0对菌的活跃活动最适合。则发生大量的NH3，使PH值变成碱性（PH8.0～9.0）。从而具备了好氧性菌容易活动的环境。
但是在厌氧发酵的条件下，因为低级脂肪酸的大量生成导致PH下降成酸性（PH5.0～6.0）。
在此条件下，好氧菌无法增殖，导致好氧性发酵停止。（产生酸臭气味）
可通过改善PH和供给氧气来恢复好氧性菌增殖。